Прошу прощения за ошибку в предыдущем ответе: не совсем понял проблему.
Для того, чтобы формировались проводки по конкретному налогу, необходимо проверить:
1. Товар входит в налоговую группу номенклатуры, где есть этот налог.
2. Клиент входит в налоговую группу, где есть этот налог.
Кроме того, в заказах и закупках и в шапке и в строках есть еще поля с налоговой группой и налоговой группой номенклатуры. Они заполняются по умолчанию, но могут быть изменены.
Проверьте настройки налоговой группы у клиента, как на рисунке.
