При изменении стандартной себестоимости, пересчитывается(изменяется) себестоимость всех проводок для номенклатур, которые есть в наличии.
То есть если что-то продали, то оно уже не затрагивается.
Вроде бы для использования (нормального) этого типа себестоимости необходимо, чтобы галка "Отрицательный финансовый склад" была включена. (не знаю, или галка так называется на русском
)