[gaenar]

Дима,
если у вас обнуляется сумма в самой проводке по накладной (выдаче довара), то это просто беда. В разнесенной проводке по клиенту первоначальная сумма накладной, выраженная в первичной и вторичной валюте компании, не может изменяться в дальнейшем.
Изменяются только поля с сопоставленной суммой (ну и ещё несколько других полей). Но эти остаются неизменными.
Как только вы закрыли часть суммы дебетовой проводки (выдача товара) платежом, в проводке по клиенту проставляются поля SettleAmountCur и SettleAmountMST, равные сумме платежа, приведённого к валюте инвойса на по курсу дату платежа. Далее, второй платёж, по идее, должен или закрыть проводку (поле Closed), либо ещё добавить сумму к полям SettleAmountCur и SettleAmountMST.
Если честно, мне кажется, что вы смотрите не в проводки по клиенту, а в открытые проводки по клиенту в форме сопоставления. Правда там может быть только ситуация, когда обнуляется сумма в первичной валюте, но при этом остаются копейки в валюте проводки.
Так что, будьте добры, проясните ситуацию примерами, если мой ответ для вас недостаточен.