В методе \Classes\Application\startup
найдите строку и поставьте breakpoint.
X++:
if (hasGUI() && !isUpgradeBatchServer)
{
SysCheckList::runCheckList();
}перегрузите клинта и step-by-step ищите причину запуска. Ещё как грязный вариант, временно закоментить эту строку запуска