Если можно выложите полный лог с ошибками.
1) Отключити UAC на MS Windows Server 2008 R2 Enterprise x64
2) Проверьте порядок установки
AXInstallationGuide.pdf
Был у Вас установлен
Microsoft Visual Studio 2008 Shell (isolated mode) Redistributable Package и Windows SDK for Windows Server 2008 and .NET Framework 3.5 (only the .NET Development Tools package is required)?
Лучше вместо них поставить полную Microsoft Visual Studio 2008 SP1, и не парится. Возможно у вас не установлен Al.exe в папке \Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v6.
*\Bin
Посмотри тему
http://blogs.msdn.com/b/emeadaxsuppo...ts-al-exe.aspx