[dirigente]

У нас вопрос о формализованных взаиморасчетах не стоял. Сразу оговорюсь, что используем мы систему для ведения исключительно Управленческого учета.
Обмен с программой фискального учета - на уровне первички. Специфика такая, иначе - вилы.
Т.е. принимаем концепцию - Компания одна, юр. лиц - много. Т.е. фактически задача сводится к выбору юр. лица при фиксировании фактов хозяйственной деятельности компании. Следовательно, кроме простой подстановки реквизитов необходимо обеспечить аналитику, по которой можно разделять проводки. Сюда прекрасно укладывается идеология аналитик Axapta. Это даст признак юр. лица, на основании которого вы сможете подставлять необходимые данные в формы и отчеты и отражается в проводках, что позволяет делать анализ штатными средствами в разрезе юр. лиц.
Конечно, простого введения аналитики (или задействования одной из трех, входящих в базовый пакет) недостаточно. Дальше придется действительно анализировать и немного допрограммировать.
Если Вы хотите, чтобы, скажем, склад был общим с т.з. пользователя, но при продаже от компании, у которой склада нет также формировались документы купли-продажи между ней и владельцем товара - тут можно использовать intercompany, однако учтите, что для получения остатков вам придется лезть в первую компанию (физически либо допрограммировать).
Стоит также обратить внимание на технологию виртуальных компаний - "расшаривание" (sharing) данных между компаниями. Наверное при этом транзакционные таблицы лучше не трогать. И так далее ...

Вот.