Пересчет не списывает округлений и ошибок (поскольку это предварительная операция). Закрытие списывает округления и ошибки (поскольку это окончательная операция). В идеальном мире, если между пересчетом и закрытием вообще ничего не менялось, то закрытие должно проводить в ГК только ошибки и округления. Но мир неидеален
Пересчет склада строит таблицу сопоставлений в памяти и есть некоторые шансы, что эта таблица отличается от той таблицы которое закрытие строит уже в БД (в виде inventSettlement с заполненым QtySettled). Я не занимался анализом - когда и как это может случаться, но на всидку мне кажется что может... Это может приводить к расхождению рассчитанной себестоимости (даже без учета коррекций и округлений) между закрытием и пересчетом.
Вообще - цель пересчета не в том чтобы посчитать окончательную и неизменяемую себестоимость списаний, его цель только в том чтобы выдать правдоподобную себестоимость списаний и складского остатка. Никто не гарантирует что эта себестоимость в 100% случаев будет совпадать с окончательной...