Это скорее результат бардака, чем продуманного архитектурного решения. Там и индекс по AgreementHeader (ссылка по RecId на стандартную шапку договор) не уникальный - тоже "так задумано"?
Я лично в данном случае не парился бы и выставил SaveDataPerCompany == No, как у штатных таблиц, вместо того, чтобы возиться с виртуальными компаниями для пары таблиц-придатков.