[Ivanhoe]

1. да.
2. есть обзор прибытия и журнал приемки. второе можно и без первого использовать.
3. я это понимаю, после обработки отборочной до разноски инвойса есть возможность начать движения товара (лишнего, не найденного) на склад расхождений, чтобы в конце периода списать. если можете сразу проводить инвойс - отборочную можно исключить.

таможенный журнал - локальная функциональность в РФ, в рамках которой проводится оформление ГТД и расчет пошлин. в RU5 появилась, если не ошибаюсь. много тем на форуме, поищите.