Накладная выписывается на клиента. Приходник - тоже на клиента (он клиент даже может сильно его захотеть, приходника этого). Поэтому с сопоставлениями проблемы не возникает. Далее, как отразить факт, что агент деньги получил, а в большую кассу еще не отдал? Если уж его назначаете складом, то логично тогда его назначить и отдельной кассой

Только учтите этот факт, когда будете формировать кассовую книгу.
Получается так - продал агент клиенту (есть информация в системе), сдал деньги агент (есть информация в системе), получил деньги от клиента (тоже есть информация в системе). Этого надо?