Ээ-ээ это вопрос настолько важный, я бы даже сказал один из основных при внедрении -что однозначно сказать:
делай так - и будет тебе счастье было бы неправильно.
Но я бы рекомендовал вариант 1 - все что можно - через субсчета.
Во-первых - сильно упрощается создание регламентной отчетности, иначе вытаскивать суммы через измерения - весьма непросто.
Во-вторых, измерения механизм конечно хороший

однако надо помнить, что с легкостью
вы вытащите суммы (из главной книги или из товарной-неважно)только 2 измерения. Остальные - с существенными проблемами - через аналитические отчеты и пр.
В-третьих - что касается товарного блока: нужное измерение не всегда будет прописываться туда, куда вам надо.
То есть те товарные движения, которые вы делаете руками - не вопрос. Однако то, что насоздает Коррекция себестоимости - бес его знает, что там будет. Но того, что надо - не будет точно.