[Vals]

Есть некоторые соображения по этому поводу:
1. Используйте функционал Интеркомпани.
2. Используйте виртуальные компании.
где Склад - одна компания, Магазины - другие компании.

В разных компаниях считаете себестоимость так, как Вам нужно.