Может я чего-то не понимаю
но на мой взгляд суммовые разницы по предоплатам в терминах системы бывают.
Логика операции такова, что номенклатура должна приходоваться на склад по курсу на дату оплаты. То есть предоплата означает, то что на дату прихода номенклатуры мы уже знаем курс по которому мы должны сделать складские проводки (в момент обработки накладной надо выставить фиксированный курс, равный курсу на дату оплаты). В противной случае система сама возьмет курс на дату прихода товара и у вас возникает суммовая разница. Далее при сопоставлении система корректирует этот курс в соответсвием с курсом на дату оплаты.