Есть еще такая гипотеза:
При загрузке проводок по inventTrans при закрытии склада, система сортирует их по индексу openItemIdx (там valueOpen и itemId) (то есть скорее всего соритрует - там в запросе стоит фраза index hint, а не index

.
В принципе - если при переливке данных с сервера на сервер изменился порядок ключей в индексе (уж не знаю как там MS SQL индексные страницы сортирует при переброске бэкапа) то и порядок обработки проводок мог изменится.
Ну а порядок этот на довольно много всяких вещей влияет. (Мне несколько лениво тут все возможные случаи расписывать)
В общем - попробуй в этот индекс в конец добавить поле recId и в методе load класса inventCostItemDim поменять фразу
index hint OpenItemIdx
На фразу
index OpenItemIdx
Если после всего этого у тебя склад все равно будет по разному закрываться - останется только списывать все на гремлинов живущих в сервере