2 woody.
IMHO, в SP3 всё проходит шоколадно, ничего при таком раскладе не сопоставится - вчера пробовал, получалось вроде всё ОК...
См. методы CustVendSettle_Cust - fetchInvoice, fetchPayment.
Может, что-то левое создает записи для кредитовых проводок в specTrans до того, как проходит сопоставление.
Наиболее вероятно, это происходит в методе CustVendVoucher.post.