Производство на разных цехах.

[glibs]

Немного не успел, но выбрасывать не буду.

Т.е. для вас критично именно чтобы под заказ был один ПЗ, и в нем там где-то стял склад, по которому у вас настроена связь?

Вы пробовали указывать склад при разноске журнала приемки, если вы его разносите вручную, или пользоваться функциональностью регистрации прямо в ПЗ (непосредственно перед разноской приемки).

Лучше, конечно, разбить на два ПЗ, чтобы избежать возможных конфликтов конкурентной обработки.