Теперь если сделать отмену сопоставления накладной и авансового платежа - в обработку входящего НДС будет попадать сч\ф с отрицательной суммой. Возможно проблема именно в этом.
PS Стоит AX 3.0 SP6
Нет - это не отмена сопоставления. Вообще никаких операций больше не делается.
И вроде функционал по авансам поставщику появился только в SP6FP1...