таможенный НДС

[mazzy]

Таможенные пошлины, как правило, реализуются через накладные расходы.

может вся пролбема в том, что вы "свернули информацию"?
Обычно делают НДС с товара + НДС с пошлины отдельно.

т.е. если представить требуемые проводки как:
D41-K60 1000
D16-К76 180 (НДС= 18% от сумма)
D16-K76 100 (пошлина)
D16-К76 18 (НДС= 18% от пошлина)

то задача решается стандартными накладными расходами.
Первые две проводки будут сделаны по товару, а вторые две будут сделаны механизмом начисления накладных расходов.