Транзитный склад

[Vals]

Думаю проблема в другом: при формировнии Заказа (закупки) манагеры могут Зарезервировать (приходовать) на транзитный склад, так? А этого допустить нельзя?

Во-первых, несколько непонятна физическая суть такого склада (вы его используете в качестве виртуального?).

Наравне с настройками прав доступа, в том числе RLS по коду склада.
Ещё одна возможность указать склады отгрузки и приходования - в справочнике номенклатуры: Закладка Количество, поле склад. Параметр Обязательный также можно установить. В этом случае склад отгрузки (приходования) будет автоматом подставляться в строки заказа (закупки).